Vznik dnešního farmaceutického gigantu se datuje do konce 19. století, kdy v roce 1885 zdědil Albert Boehringer v Ingelheimu nad Rýnem malou chemickou továrnu na výrobu kyseliny vinné. Prvopočátky jsou spojeny s potravinářstvím, protože úrodné Porýní je proslavené svými vinicemi, které směle konkurují sousedními Alsasku a Lotrinsku. Shodou náhod při testování postupu pro výrobu kyseliny citrónové se zákvas příliš rychle ohřál a výsledkem nebyla kyselina citrónová, ale mléčná, která je klíčovým prvkem řady biotechnologických postupů. Na přelomu století již chemický závod Boehringer Ingelheim dodával pro lékařské účely extrahované alkaloidy morfin, kodein a kokain. K jeho produktům patří také jedno z prvních, chemickou cestou připravených analgetik Laudanon.

I po více než 100 letech je společnost stále ve výlučném vlastnictví rodiny Boehringer a její centrála stále sídlí v německém Ingelheimu. Nicméně se již významně rozrostla a jednou z jejích poboček je také zastoupení pro Českou republiku v Praze.